El-Sisi được sinh ra ở Cairo vào ngày 19 tháng 11 năm 1954, tong một gia đình theo Hồi giáo với cha mẹ là Hussein Khalili al-Sisi và Soad Mohamed. Ông lớn lên ở Gamaleya, gần Nhà thờ Hồi giáo al-Azhar, trong một phần tư nơi người Hồi giáo, người Do Thái và Kitô hữu cư ngụ. El-Sisi được vào học tại Học viện Quân sự Ai Cập, và sau khi tốt nghiệp ông giữ các vị trí khác nhau trong Lực lượng vũ trang Ai Cập và phục vụ tại Ai Cập tùy viên quân sự tại Riyadh. Năm 1987, ông theo học trường Cao đẳng và Chỉ huy Ai Cập. Năm 1992, ông tiếp tục sự nghiệp quân sự của mình bằng cách đăng ký vào Đại học Chỉ huy và Tham mưu Anh. Năm 2006, ghi danh vào Trường Đại học Chiến tranh Quân đội Hoa Kỳ tại Carlisle, Pennsylvania. Sisi là thành viên trẻ nhất của Hội đồng Lực lượng Vũ trang Tối cao (SCAF) trong Cách mạng Ai Cập năm 2011, giữ chức vụ giám đốc bộ phận trinh sát và tình báo quân sự. Sau đó, ông được chọn thay thế Mohamed Hussein Tantawi và giữ chức Tổng tư lệnh và Bộ trưởng Bộ Quốc phòng và Sản xuất Quân sự vào ngày 12 tháng 8 năm 2012.

Gia đình của Sisi có nguồn gốc từ tỉnh Monufia. Ông là người thứ hai trong số tám anh chị em (cha ông sau này có thêm sáu người con với người vợ thứ hai). Cha của ông, một người Hồi giáo bảo thủ nhưng không cực đoan, đã có một cửa hàng đồ cổ bằng gỗ cho khách du lịch trong khu chợ lịch sử của Khan el-Khalili.

Ông và anh chị em của mình học tại thư viện gần đó tại Đại học al-Azhar. Không giống như anh em của mình - một người là thẩm phán cấp cao, một công chức khác - el-Sisi đã đến một trường trung học do quân đội địa phương điều hành, nơi mối quan hệ của anh ta với anh em họ Entissar Amer bắt đầu phát triển. Họ đã kết hôn sau khi Sisi tốt nghiệp Học viện quân sự Ai Cập năm 1977. Ông tham dự các khóa học:

• Khóa học Chỉ huy và Tham mưu, Đại học Chỉ huy và Tham mưu Ai Cập, 1987;
• Khóa học Chỉ huy và Tham mưu chung, Đại học Chỉ huy và Tham mưu, Vương quốc Anh, 1992;
• Khóa học chiến tranh, học bổng của trường đại học chiến tranh cao hơn, Học viện quân sự Nasser, Ai Cập, 2003;
• Khóa học chiến tranh, Đại học quân đội Hoa Kỳ, Hoa Kỳ, 2006;
• Tùy viên quân sự của Lực lượng Vũ trang Ai Cập ở Riyadh, Ả Rập Saudi;
• Khóa học bộ binh cơ bản, Hoa Kỳ